Malebná, mírně zvlněná a přírodními i umělými prvky členěná krajina Netolicka leží na přechodu mezi Šumavským podhůřím a Českobudějovickou pánví. Většina patří k Netolické pahorkatině, jejíž nejvyšší částí je hřbet Jedlového vrchu (606 m n. m.) a Kočičiny (607 m n. m.) mezi Netolicemi a Hracholusky. Severovýchodní část Netolicka mezi Malovicemi a Mahouší je součástí jihozápadního okraje Českobudějovické pánve s nadmořskou výškou 400–430 m n. m.
Vodní osou Netolicka je Netolický potok, vznikající soutokem Melhutky a Stružky pod rybníkem Podroužek jižně od Netolic. Oba potoky sbírají své vody ve vyšším podhůří Šumavy a Blanského lesa. Na Netolickém potoku a jeho přítoku Třebánce jsou vybudovány soustavy menších rybníků, z nichž největší jsou Velký Hrbovský rybník a Podroužek jižně od Netolic. Netolický potok vtéká u Podeřiště do Českobudějovické pánve. Na různých místech v toku Netolického potoka byla zjištěna ohrožená mihule potoční, u vodních toků v oblasti Netolicka hnízdí ledňáček říční a skorec vodní. Vegetace v rybnících a jejich nejbližším okolí je tvořena lemy rákosin podél břehů, zejména rákosu obecného, orobince a zblochanu vodního, místy se vyskytují i menší porosty vysokých ostřic. V mokřadech se úspěšně rozmnožují některé druhy obojživelníků.
Území mikroregionu původně pokrývaly převážně listnaté a smíšené lesy. V současnosti je krajina z velké části bezlesá, větší lesní komplexy se zachovaly hlavně v západní části v pruhu od Krtel a Velkého Boru po Žitnou, Hrbov a Horní Chrášťany. Tyto lesy jsou zcela kulturní, v nižších částech s poměrně vysokým zastoupením dubu letního, ovšem s převahou borovice lesní a smrku ztepilého. Směrem k vyšším polohám jsou téměř výhradně jehličnaté (smrkové a borové), jen místy s vtroušenou jedlí bělokorou a bukem lesním. Přesto se i v místech s alespoň malou příměsí původních dřevin můžeme setkat s bohatstvím bylinných druhů, charakteristickým pro přirozená lesní společenstva. V rozsáhlejších lesích Netolicka (Krtelský les, Třebánka) nepříliš hojně hnízdí sýc rousný, jehož jihočeské centrum výskytu leží v šumavských lesích.
Ve velké části Netolicka, zejména východní, převažuje dnes obdělávaná orná půda s mozaikou intenzivně využívaných kulturních luk bez významnějších rostlinných druhů. Roztroušeně, hlavně v okolí drobnějších osad, zůstaly zachovány zbytky přirozenějších lučních porostů, zastoupené na sušších, většinou svažitých stanovištích tzv. ovsíkovými loukami, v nivách toků a u rybníků bezkolencovými a na obtížně přístupných trvale podmáčených lokalitách loukami pcháčovými. V zemědělské krajině jsou ekologicky cenné liniové stromové porosty s převažujícím dubem letním, místy s lípou malolistou a křovitým podrostem trnky, hlohu a brslenu evropského. Jsou hnízdním biotopem ptactva a útočištěm četných významných bezobratlých živočichů vázaných na staré stromy, především duby. Hnízdí zde například strakapoud prostřední, teplomilný druh s původním rozšířením v doubravách, dnes v jižních Čechách ojedinělý.
Důležitým krajinným prvkem jsou olšové luhy, doprovázející menší vodní toky. Pěknou ukázkou je olšový luh na horním toku Mastnice jižně od Žitné, chráněný v přírodní památce Mastnice, v němž roste početná populace chráněné bledule jarní a dalších významných druhů. Výjimečné jsou suťové lesy, jejichž reprezentativní ukázka je zachována v kaňonovitém průlomu Melhutky mezi vrchy Velký a Malý Hrádeček mezi Třebanicemi a Hrbovem. V přírodní památce s názvem Hrádeček zde na svazích kaňonu rostou suťové bažankové jaseniny a měsíčnicové javořiny s dymnivkou dutou, měsíčnicí vytrvalou, bažankou vytrvalou, samorostlíkem klasnatým a další.
Nejvýznamnější jedinci starých, mohutných, krajinářsky a historicky významných stromů jsou chráněni jako tzv. stromy památné. V krajině Netolicka je jich dnes registrováno několik desítek, z nichž většina je však soustředěna ve dvou krajinářsky významných alejích. Jde o stromořadí 83 dubů a 20 jasanů (obvody stromů ve výši 130 cm nad zemí kolísají v rozpětí od 130 cm do 420 cm) podél severovýchodní strany dostihového závodiště u zámku Kratochvíle a jednostrannou alej 31 platanů javorolistých (obvody stromů 150–200 cm) podél severní strany silnice z Netolic do Velkého Boru, rovněž u zámku Kratochvíle. K solitérně rostoucím památným stromům patří dub letní na jižní hrázi Kratochvílského rybníka u Kratochvíle (obvod 475 cm, stáří 250 let), dub letní u silnice Netolice–Prachatice 1 km západně od Kratochvíle (obvod 503 cm, stáří 250 let), dub letní na východní straně hráze Velkého Hrbovského rybníka (obvod 545 cm, stáří 300 let), dub letní na jihozápadním okraji Horních Chrášťan (obvod 476 cm, stáří 250 let) a nádherná stará hrušeň na západním okraji Olšovic (obvod 365 cm, stáří 250 let).
